微生物个体微小，肉眼看不见或看不清楚，大小以微米(μm)或纳米(nm)计量，需借助显微镜观察。微生物生长繁殖快，在实验室条件下多数细菌几十分钟或几小时就可以繁殖一代。微生物在自然界分布广泛，土壤是微生物的大本营，每克耕种的土壤中有几亿到几十亿个微生物。

　　按照现代生物学观点，微生物分为细胞型微生物和非细胞型微生物两大类。其中，细胞型微生物包括原核微生物(prokaryotic microorganism)和真核微生物(eukaryotic microorganism），而非细胞型微生物主要是指病毒（virus）。

　　原核微生物的细胞核外无核膜包裹，不含组蛋白，故称原核，而且在细胞内也不含任何由单位膜包裹的细胞器，是目前已知的结构最简单并能独立生活的一类细胞生物。原核微生物包括细菌、放线菌、蓝细菌、立克次氏体、支原体、衣原体、螺旋体和黏细菌等。

　　细胞核具有核膜、能进行有丝分裂、细胞质中存在线粒体或同时存在叶绿体等细胞器的微小生物，称为真核微生物。真核微生物广泛存在于自然界，种类很多，除真菌（单细胞的酵母菌和丝状真菌)外，还包括黏菌、卵菌、原生动物和藻类等。