子午沙鼠是亚洲中部荒漠、荒漠草原动物。广泛栖息于各类干旱环境。它们常聚集于小片适宜的生存环境。在内蒙古荒漠草原区的盐淖周围、农田间的沙丘上数量极高，100铁次的捕获率可达80%以上；远高于当地4%~7%的平均捕获率。在同一栖息地长爪沙鼠多分布于田埂、田间荒地，密度相对均匀，而子午沙鼠分布于灌丛、沙丘，密度不均匀。这也是草原动物与荒漠动物种群空间分布的差异。

　　子午沙鼠以草本植物、旱生灌木、小灌木的茎叶和果实为主要食物。一些带刺的灌丛，如狭叶锦鸡儿、沙兰刺头等亦为其所采食。春季还曾在其胃中检出鞘翅目昆虫的残片。在农区，它们盗食各种粮食作物，甚至葡萄干、西瓜、甜瓜、向日葵籽以及树木幼苗。子午沙鼠很少直接饮水，仅在秋季可见其采食带露水的叶子。笼养条件下，日食量为18~34g。夏季的日食量高于秋季。夜行性；白天极少出洞。活动高峰在22~24时，4~6时有一个小高峰。活动范围为60~870m，平均264m。觅食时趋于远离洞口；只有在交尾期或哺乳期才限于洞系周围。有随季节变化迁移觅食的习性，以寻找适宜的食源。其迁移距离一般不超过1km。秋季储粮时期，植物种子普遍成熟，食物丰富，沙鼠的活动范围也比较稳定。