在检疫工作中，对采集的白蚁标本主要采用传统的形态分类和分子鉴定相结合的方式进行鉴定。传统的白蚁分类是以有翅成虫和兵蚁的形态特征为基础来区分。随着现代分子生物技术的发展，分子诊断技术也逐渐应用到入侵白蚁的鉴定中，不断积累的基因序列是其应用的基础。2002年，Jenkins等人首次利用DNA序列数据推断出入侵物种台湾乳白蚁的来源，通过细胞色素氧化酶基因序列确定了横跨整个美国东南部、夏威夷和中国的14个地理位置的台湾乳白蚁有八个特殊的支系，而所有的亚特兰大和新奥尔良种群都有一个母系血统，表明这些地区的台湾乳白蚁有一个共同的母系祖先。分子诊断技术的快速、灵敏和可靠，以及少量样本量的特性，使其更易被推广应用。同时，用于白蚁物种鉴定的表皮碳氢化合物分析技术也可应用到入侵白蚁的检疫鉴定中。昆虫表皮碳氢化合物主要存在于昆虫表皮蜡层，指表皮中的一类长链烃类。研究表明，昆虫表皮碳氢化合物的组分和含量在种之间存在差异，即使在亲缘关系很近的种之间也有明显差异，可通过气一质联用（GC-MS）技术进行分析，在检疫鉴定中具有较好的应用前景。