黑翅土白蚁是纯土栖性的，整个巢穴系统都埋藏于地下，除了在地面部分可以发现它的活动痕迹——泥被、泥线、分群孔。有翅成虫在分飞季节飞出地面，趋向光源外，整个群体活动都在地下进行。

　　黑翅土白蚁的巢穴系统由一个主巢、若干菌圃、少数空腔通过蚁路连接起来的完整系统。

　　主巢由多个菌圃组成，每个菌圃由泥骨架或泥片分隔开，主巢内有一个构造异常坚固的泥盒子，即为“王宫”，其周围除有少量的孔口外，是封闭的。“王宫”处于主巢的中央或巢中适当的地方，周围聚集了许多白蚁。主巢外壁是由工蚁制作成非常密实的泥壳壁，水和空气不易侵入。

　　菌圃是离开主巢的巢体，一般呈馒头状，形状和大小与主巢内的菌圃没有多大差异，所以，有人将菌圃称为“副巢”，但习惯上还是称菌圃为多。黑翅土白蚁菌圃数量较多，随着群体的发展，围绕着主巢分布，几个、几十个甚至上百个不等，有些文献称之为卫星状菌圃。

　　空腔是黑翅土白蚁巢穴系统的另一种构造，空腔是不含菌圃而有白蚁活动的空间，相当于菌圃除去内容物剩下的泥腔，但此菌圃腔扁平且人地较浅，里面有白蚁活动。

　　主巢、菌圃、空腔都是通过蚁路串联起来的，形成一个完整的巢穴系统，好似地下埋着一个瓜藤，蚁路是藤，主巢、菌圃、空腔是瓜藤上长出来大小不等的瓜，瓜和滕构成一个完整的巢穴系统。

　　从入土层的深度看，主巢入土最深，菌圃和空腔相对较浅。

　　从上述两种白蚁巢体结构可看出，白蚁的巢体是极其复杂的，而且每一巢体，自成一体，跟别的巢群不发生任何联系，这也是白蚁与其它昆虫不同的地方。